A área do projeto Trocano Araretama, como seria de se esperar da floresta tropical amazônica, é rica em biodiversidade e o projeto tem uma abundância de espécies endêmicas de biodiversidade variadas e ameaçadas de extinção.
Onde a área do projeto está localizada na região do Rio Madeira, há algumas espécies que têm uma distribuição geográfica apenas nesta área. Micro-regiões tropicais como a área do projeto Trocano Araretama são extremamente sensíveis à ameaça e ao efeito do desmatamento, pois estes impactos negativos podem causar a perda de flora e fauna importantes que são conhecidas e também espécies potencialmente novas, algumas das quais ainda não foram descobertas.
Isto não só em termos das espécies de mamíferos presentes na área, como o macaco uivador, ariranhas de rio e o golfinho de rio, mas também a considerável reserva de plantas alimentícias, bem como aquelas com qualidades medicinais. Pesquisas sugerem que cerca de 70% dos medicamentos modernos são derivados de plantas da floresta tropical, particularmente nos tratamentos de câncer. Durante a implementação de nosso projeto, descobrimos que o guaraná, copaíba, crajiru e urucu estão todos presentes dentro da área do projeto e todos foram considerados como tendo algum nível de benefício medicinal.
Esta breve introdução mal aborda a importância de proteger a biodiversidade dentro da área do projeto Trocano Araretama e os benefícios que existem para garantir que ela permaneça intacta.